iOS 用の OneNote がアップデートされて、OneDrive for Business への保存ができるようになっていました。
設定 - アカウントに進むと特に追加した覚えもないのに自分のドメインの OneDrive と SharePoint が見えていました。(前からありましたっけ?)
設定すると保存場所として OneDrive for Business が選択できるようになっています。
作成したデータはルートに置かれるようです。
ちなみに Windows Phone 版は最初から OneDrive for Business のノートも開けます。
但し新規ノートブックを作ることはできませんね...(作れなくて困った事はないけど) Windows Phone も頑張って...。